贞观十九年(645)正月二十四日，玄奘到达京师西郊，道俗相迎者数十万，人群拥挤，甚至进不了城。当时唐太宗在洛阳，玄奘将带回的经像放在长安弘福寺，就去洛阳向太宗汇报。太宗希望他把西域见闻写出来，又劝他还俗从政，前一条玄奘答应了，后一条却难从命。玄奘要求译经，太宗安排他在弘福寺建立译场。玄奘回长安后，组织了一套包括证义、缀缉、录文、证梵、安字在内的翻译班子，同年五月就开译《大菩萨藏经》，贞观二十二年(648)译出《瑜伽师地论》一百卷。同年慈恩寺建成，寺内专设译经院，玄奘搬入此寺译经。唐高宗永徽三年(652)，为了存放经卷，玄奘又要求在寺内另造一塔，即今大雁塔。自永徽至显庆之间，玄奘译出毗昙类经典，晚年译六百卷的《大般若经》。他还把《老子》和《大乘起信论》翻译为梵文，正因为这样，持《起信论》为非中国撰述的学者，以玄奘此译为论据。

麟德元年(664)，玄奘因疾而在玉华宫逝去，临终前，命僧翻读所译经典名目，又嘱死后不要葬在宫、寺附近，寻个山中清净处埋掉。

玄奘回国后的近二十年内，共译经七十五部，一千三百五十卷，另外还著有《大唐西域记》等作品，一些表、启、书等则收入《大慈恩寺三藏法师传空亏》中。

从玄奘泽籍来看其思想的组织，范围很广，但以瑜伽行派的思想为主。这一系的经典，玄奘译有“一本十支”中的“一本八支”，一本是《瑜伽师地论》(弥勒著)，十支是《百法明门论》、《五蕴论》(此二为世亲著)、《显扬正教论》、《摄大乘论》(此二为无著撰)、《杂集论》(安慧集)、《辨中边论》(弥勒颂，世亲释)、《唯识二十论》(世亲著)、《唯识三十论》(世亲著)、《大庄严论》(弥勒颂，世亲释)和《分别瑜伽论》(弥勒著)。最后两论玄奘未译。《唯识三十论》在印度注释很多，著名者有十家(即亲胜、火辨、难陀、德慧、安慧、净月、护法、胜友、胜子和智月)，玄奘依窥基的建议，以护法一家为主，糅译十家，命名为《成唯识论》，此论最能代表玄奘的瑜伽学思想。又译有《解深密经》五卷(此经八品，正宗分之七品全部被《瑜伽师地论》引用)。

玄奘于瑜伽学的代表性观点是三性说和阿赖耶识缘起说。三性，亦称三自性，即遍计所执自性、依他起自性、圆成实自性(在真谛译作分别性、依他性和真实性)。遍计所执自性指“周遍计度”，即普遍地观察和度量，产生虚妄分别，执著虚妄的如梦似幻的现象为实有。依他起自性说明一切现象都依“他”而起，这个“他”，指各种条件，特别是阿赖耶识中的种子。由此而知万法为“似有”。圆成实自性指圆满成就万法的真实性体，只要认识到万法依他而起，在此基础上远离遍计妄执，而能体认到圆成实性。

依他起自性中的“他”，归结为种子，这是玄奘所认为的世界的终极原因。种子必须具有产生结果的功能，其来源有二，一是先天具有的，二是新熏的。种子具有刹那灭、果俱有、恒随转、性决定、待众缘和引自果六种特征。

种子藏在阿赖耶识中缘起万法，阿赖耶识通过末那识的中介，由六识直接变现外境。阿赖耶识即真谛所译的阿黎耶识，末那即真谛所译的阿陀耶识。

为了说明识体的作用，玄奘又介绍了护法的四分说，即每一识体都具有相分、见分、自证分和证自证分四层次。相分是识体的认识盯判对象；见分是识体的自身的认识相分的能力；自证分是能够证知见分的认识能力的功能；证自证分是对自证分的再证知。阿敕耶识的最深层本质可以追溯到这个证自证分。

在修证方面，玄奘认为要通过转依才能得涅盘，得凯亏改无上觉，转依就是转掉依他起上的遍计所执，转得依他起中的圆成实性。

在达到解脱的过程中，须历五个阶段，称唯识五位：资粮位、加行位、通达位、修习位和究竟位。

因明也是印度瑜伽学派的思想内容之一，陈那对之阐发尤多，他著有因明八论，其中的《因明正理门论》，玄奘于贞观二十三年(649)译出，陈那的弟子商羯罗主对此论之释，为此论入门阶梯而作的《因明入正理论》，玄奘则于贞观十九年(645)先行译出。古印度之因明，在其认识论部分立有现量、比量和圣教量，陈那废除了圣教量，留现、比二量，又对比量作进一步的分析。玄奘创造了一个“真唯识量”，是在戒日王为他举行的无遮大会上提出的。他采用宗、因、喻三支的逻辑方法，依照护法的唯识理论而说明境不离识的观点。

小乘经典的组织，玄奘译出一切有部的“一身六足”中的“一身五足”。一身是《发智论》(迦多衍尼子著)，六足是《识身足论》(提婆设摩著)、《法蕴足论》(大目乾连著)、《品类足论》(世友著)、《集异门足论》(舍利子著)、《界身足论》(世友著)和《施设足论》(大迦多衍那著)。《施设足论》没有译出。又译有解释《发智论》的《大毗婆沙论》(题五百罗汉造)二百卷，译有《俱舍论》。

大乘经典的组织，除了译介瑜伽行派一系外，玄奘又译出般若部的《大般若经》，该经十六会，二百七十五分，作为全经主要部分的第一会就有七十九分共四百卷。经中有六会与过去所译的般若类经属同本异译，如第二会原有西晋无罗叉和竺叔兰合译的《放光般若》二十卷、竺法护译《光赞般若》二十卷、姚秦鸠摩罗什译《摩诃般若经》二十七卷；第四会原有东汉支谶《道行般若》十卷、三国之吴国支谦译《大明度无极经》六卷、苻秦昙摩蜱和竺佛念合译《摩诃般若钞经》五卷、罗什译《小品般若经》十卷；第九会原有罗什《金刚经》一卷、北魏菩提流支译《金刚般若经》一卷。另外六、七、八三会也有旧译本。对于旧译，玄奘都加以重译或改译。

玄奘认为，“佛法大乘，般若为本”(《请御制大般若经序表》，《大慈恩寺三藏法师传》卷一)。所以他对这部经典的翻译尤为重视，而过去所译，都未窥其全貌。玄奘专门在僻静的玉华宫译此巨制，有人曾建议他依照罗什的做法，删繁就简，玄奘全依梵本，不作一点省略。自显庆五年(660)正月一日起译，至龙朔三年(663)十月二十三日译完，这样六百卷的著作规模，使中土学人大吃一惊。

但玄奘更为流行的般若部经典译作则是集《大般若经》中佛和舍利子问答般若思想的各品而成的《般若波罗蜜多心经》一卷。

在译完般若部后，玄奘又想译宝积部的《大宝积经》，但只试译了几行，身体不行了。此经后由菩提流支译出。

玄奘还译出中观部经典《广百论本》，以瑜伽思想贯通中观学派。

玄奘还译出大乘戒律方面的经典《菩萨戒本》一卷，此卷是从《瑜伽师地论》中的《本地分菩萨地初持瑜伽处戒品》录出，称为《瑜伽戒本》，可知玄奘对戒律的重视。

玄奘还译有密教类经，《不空羂索神咒心经》、《诸佛经陀罗尼经》、《六门陀罗尼经》等。

玄奘于净土则持弥勒净土信仰，愿生兜率天。他在国内时就有此信仰，到天竺后得知无著、世亲都持此愿，更加坚信。临终之前，他默念弥勒佛，并命旁边的人同称：南谟(现译南无)弥勒如来。据说他曾作《赞弥勒四礼文》，载《法苑珠林》卷十六。

玄奘的翻译，是罗什之后的又一个新阶段，他精通梵汉两语，译文非常精当，对旧译中的不当之处，也有纠正。这不只是对中国佛学，对中国文学、翻译学等，都是很大的贡献。他撰写的《大唐西域记》，是中印文化交流的杰出结晶，是现在研究西域和古印度文化的必读材料。玄奘所译所传的瑜伽行派一系思想，为慈恩宗的创立奠定了理论基础，从这个意义上看，玄奘是慈恩宗的创始人。

玄奘的弟子很多，著名的有称为“四神足”的神方、嘉尚、普光和窥基，窥基为嗣法弟子。在玄奘之后，除窥基一系之外，新罗学僧圆测与玄奘学说多有差异，另成一系，但常遭窥基后传的排斥。

四书五经。