这个故事要追溯到60年代（MGS3），主角我们的老蛇叔跟着自己师父学校了十年，他的师父THE BOSS是美国一个特殊部门的领袖人物，是美国真真正正的英雄。当然老蛇叔是她的得意门生，老蛇叔成长之后也为美国效力，他爱上了他的师父。当时处于核战争的冷战时期，一次任务，是救被俄罗斯绑架的合金装备研究员，但就是因为这件事引出了美国策划好的阴谋，引出了哲学家的遗产，这笔钱是二战之前全世界的一个和平组织集资的，就是联合国的前身，但二战之后这个组织分裂了，有一笔钱就落到了一个富二代手上，富二代花钱搞合金装备加核弹要用这个来威胁世界当霸主，美国安排THE BOSS叛变，暗地里搞垮富二代，老蛇叔年轻气盛，跟并不是富二代的对手，但暗地里THE BOSS救了她很多次命，最终让老蛇叔成长，搞快了富二代，因为BIG BOSS已经被整个美国仇视，因为官方需要她必须背叛，她成了实实在在的牺牲者，而且她才是真真正正的爱国者，而BIGBOSS的最终决定她的命运，就在老蛇叔手上……老蛇叔流着泪杀掉了自己的恩师，美国政府要重新树立起英雄形象，于是我们的老蛇叔得到一个称号，BIG BOSS,他在老师墓前开始怀疑他是为了什么而战斗，最终想通了，要为自己而战。（合金装备3完）掌上行动主要就是讲了他刚刚叛变美国之后反核的一个小插曲，也奠定了和平行者里的声望，经此而已，接下来来到和平行者，这次蛇叔已经决定建立自己的军队企业，名叫世外天堂，只有士兵的国家，但只为了自己而战，这也是合金装备4里军队企业化的前身和鼻祖，米勒大叔有提到过，因为美国已经盯上了BIGBOSS的叛变一定会影响整个世界，于是派出了一老一少安排其中，本来是解决哥斯达黎加突然来袭的武装部队，不巧最终阴谋揭穿，这一老一少只是来搞垮蛇叔的间谍，最终惨败，BIGBOSS更加坚定了信念，要把无国界之师搞起来，但这里就初露了ZERO的阴谋，ZERO是合金装备3里老蛇叔的指挥官，他悄悄建立起爱国者，也是为和平而努力，但其当时表面上看是要搞垮蛇而已，但是他使用手段在蛇叔身上得到DNA，克隆创作了3个蛇叔，这个慢慢交代，史称魔童计划。到了16位机时代，第一号小蛇叔solid Snake已经被老美的爱国者组织洗脑，变成了一个小抓牙，以他的能力搞死了自己老爸两次，虽然也是为了正义，但每次和父亲最终BOSS战的时候都有所感悟，我们的小蛇叔慢慢成长，搞垮了世外天堂（青出于蓝啊）到了合金装备1的时候，他也有了自己的指挥官，和一切后备力量，和60年代的老蛇叔一摸一样，在一次调查无名组织占领小岛的任务中，发现了和自己一摸一样的人，利奎德斯内克，此时曾经THEBOSS的儿子出现，我们叫他奥赛罗，其实他也是个悲剧，被爱国者操作着，这个家伙也有向往和平的目标，但走的路就是一切俄罗斯那个富二代的一样，造出了“霸王”合金装备，蛇叔再次将其收割，但渐渐的得知了自己的身份，还是怀疑政府，同样的他踏上了父亲曾经走过的道路，但搞的规模很小，意图就是要解决世界上所有的合金装备，免除核战争，合金装备2开始，此时爱国者已经培养了新一代单人潜入人物，雷电，一个稚气的孩子，在合金装备2里面蛇叔没有搞定“海魔王”对外界宣称自己已经死掉，但暗地里还是再做反对核战争的事，经过上一次被“海魔王”逃走的事后，一个莫名组织在沉船的地方修建起了还是石油基地，这其实是第三个克隆体，最没戏份的就是他了，还是老套路，只不过给自己搞了一套比较霸气的战斗服，这次的阴谋被蛇叔和雷电给破坏，雷电也渐渐发现了自己貌似被蒙在鼓里，毅然决定要自己反对合金装备……（貌似2是最没什么戏的，只是铺垫了雷电将会在XBOX360上的大放异彩罢了）到了合金装备4，蛇叔虽然才四十出头，却已经老态龙钟，之前以为是得病了，但最后才知道这是爱国者当时创作3个魔童的时候故意缩短了他们的DNA链条，他们没有生育能力，当时爱国者给他们定的使用价值年限只有10年，不过在玩家看来爱国者是彻底的失败者，这个组织的所有强势力量都背叛了，但恰恰相反，自从ZERO建立起爱国者之后，这个机构渐渐通过电脑可以支配世界上所以的事物，大家都被闷在鼓里，爱国者更加过分的利用纳米计算机来控制人的体能与性格，就差纳米计算机控制思维了。这次的大反派是利奎德，虽然之前死了，但以前THEboss的儿子被蛇叔打断手之后接了利奎德已死掉时的手，被利奎德控制……（其实是纳米计算机作祟）变成了现在的大反派，当然我们已经老掉的蛇叔会义无反顾的去和他杠上，他在4里所有遇到的人都是爱国者暗中安排的，此时的爱国者已经是几台完美无缺的AI电脑，控制了世界上所以的经济，战争，而突然在这个世界产生了异端，利奎德的再次出现，其实才是真正想要瓦解这种形式的人，蛇叔当然屁颠屁颠的利用各界援助搞定了曾经的“海魔王”，毁掉了利奎德想要用轨道跑打掉放在卫星上的AI，但这一切都是爱国者的安排，直到最后，蛇叔把病毒注入了利奎德搞到的一台AI里，把支配全世界三部AI全部毁掉，爱国者的阴谋真相大白，蛇叔郁闷的跪在自己父亲老蛇叔的面前忏悔，决定自杀，被真正的老蛇叔救下来，老蛇叔告诉了他一切一切，老蛇叔之所以复活全靠捡回了之前两个克隆体的身体得以复活，这次奥赛罗利奎德的出现也是老蛇叔的安排，一切的一切明了了，蛇叔不再恨他老爸，最后BIGBOSS靠在THEBOSS的墓碑上吸了最后一口烟……桑尼，电脑天才，毁掉AI的病毒就是她弄出来的，是合金装备2里面一个被爱国者利用的女人的女儿，成了新世界的希望，故事终……这就是一个关于和平的故事